Juan S. Boonstra era nativo de Tres Arroyos, Argentina. Su padre había emigrado desde Holanda cuando era adolescente y se había casado con una mujer argentina. Ambos criaron a Juan como un auténtico argentino y mantuvieron su nacionalidad a pesar de vivir en los Estados Unidos durante más de treinta años.
Boonstra se graduó en 1954 en el Calvin Seminary de Grand Rapids, Michigan, y se hizo ministro de la Christian Reformed Church. Entre 1954 y 1961, sirvió en la Iglesia Reformada de Argentina en Comodoro Rivadavia, una pequeña iglesia cuyos miembros vivían dispersos en una extensión de cientos de kilómetros.
En 1961 se mudó a Chicago, en Estados Unidos, donde participó en la obra misionera hasta 1964, cuando comenzó el trabajo en la radio por el que es más conocido. Durante veintiséis años retransmitió a más de cuatrocientas emisoras de radio de América Latina el programa en español de la iglesia, llamado “La Hora de la Reforma”. Sus mensajes, dinámicos y de gran relevancia, atraían un enorme caudal de correspondencia, a veces más de mil cartas mensuales.
Durante su relativamente corta vida, participó en muchos campamentos y conferencias de tipo evangelístico para latinoamericanos, y miles de personas se convirtieron a través de su ministerio.
El Dr. Boonstra recibió un doctorado honorífico del Seminario Juan Calvino de México en 1983. En 1995, murió en su casa de Hebron, Indiana, a los sesenta y nueve años.